El recobriment vegetal és pobre i poc divers (16 subsp.), ja que l’orografia gairebé no permet l’existència de sòl ni la retenció d’aigua. Així i tot, hi trobam una de les espècies vegetals més emblemàtiques de les Pitiüses: la lletrera, Euphorbia margalidiana, endemisme exclusiu d’aquest illot, descobert el 1978 pel botànic alemany H. Kuhbier. Les seves tiges gruixades pengen de les parets verticals de roca, arrelant dins escletxes i cocons on es pot retenir una mica d’humitat. També s’hi troben exemplars d’espècies nitròfiles, com la malva, Lavatera arborea, l’esparreguera, Asparagus horridus, o l’all bord, Allium ampelloprasum, Chenopodium murale, Parietaria judaica i Sonchus tenerrimus. Fins on arriba l’esprai marí hi trobam la solsera, Sarcocornia fruticosa, i, més a prop del mar, petits matolls de Limonium ebusitanum i Chrithmum maritimum. També es troben escassos exemplars d’Arthrocnemum macrostachyum, Senecio leucanthemifolius subsp. crassifolius i un o dos peus d’Olea europaea subsp. sylvestris, probablement germinats dels molt abundants pinyols d’olives defecats per les gavines.

Les gavines, Larus michahellis, aixafen i deterioren la vegetació per fer els nius i nitrifiquen el sòl. Aquestes aus escampen pertot arreu deixalles portades de la veïna Eivissa. També hi nidifica alguna parella de virot petit, Puffinus mauretanicus; de noneta, Hydrobates pelagicus, i de falcó marí, Falco eleonorae.

El valor biogeogràfic de l’illa Margalida es basa no sols en la presència d’Euphorbia margalidiana, sinó també en la del gasteròpode endèmic d’aquest illot: Xerocrassa ebusitana margaritae. També s’ha citat el molt rar opilió endèmic Scotolemon krausi. I, entre els vertebrats, pel fet que aquí s’hi ha diferenciat una població autòctona de sargantana quasi melànica: Podarcis pityusensis hedwigkamerae. Aquesta població, dins del cercle de races que descriuen les poblacions de P. pityusensis, presenta unes característiques morfològiques i de coloració intermèdies entre la població de l’Illa Murada i les poblacions de les illes de ses Bledes, totes melàniques. A l’illa Margalida, però, el melanisme no és absolut, com a les sargantanes de l’illa Plana de ses Bledes, sinó que s’hi poden diferenciar les taques reticulars dorsals i les línies dorsolaterals més clares que la resta del dors. Poques vegades s’observen ventres de color blau, color majoritari als ventres de les sargantanes de l’Illa Murada.

Els fons marins de ses Margalides s’assemblen als de les properes illes de ses Bledes, però les impressionants arcades i coves submarines els donen un plus d’espectacularitat. Ses Margalides són de ben segur un dels punts més interessants i de diversitat més elevada de la costa balear. Els alguers són inexistents i, en canvi, les parets verticals envolten els dos illots fins a fondàries d’uns 30 metres, on el pendent se suavitza fins als 45 metres. En aquesta fondària sovint hi ha un replà de sorra detrítica, que uns metres més enllà continua amb una caiguda que arriba a 55-60 metres de fondària. Només la part situada entre els dos illots és relativament plana i ocupada per comunitats d’algues fotòfiles. La resta dels fons tenen comunitats d’algues esciòfiles ja a ben poca fondària. El coral·ligen comença cap als 30 metres de fondària; fins als 45 metres està dominat per Halimeda tuna, amb Flabellia petiolata i Peyssonnelia subsp., amb una cobertura elevada de l’alga invasora Womersleyella setacea. Aquesta espècie desapareix a més fondària, on tenim coral·lígens espectaculars per sota dels 45 metres, de vegades intercalats amb petites extensions d’avellanó amb Lithothamnion corallioides, L. valens i Spongites fruticulosa.

En aquests fons hi ha també Phyllariopsis brevipes abundants, que s’estenen també sobre el coral·ligen, formant un magnífic paisatge submarí. Les parets més verticals estan poblades sobretot pels talussos d’algues coral·linals, notablement del gènere Mesophyllum. Les nombroses arcades i túnels submarins de la zona possibiliten l’existència d’espècies pròpies d’aquests ambients.

La seva morfologia esquerpa i la dificultat d’accés comporta una defensa passiva, i són molt pocs els desembarcaments anuals. Tal vegada, la proliferació de gavina comuna podria arribar a ser un problema per a la lletrera, però no se n’han comprovat impacte de moment.

L’illa és Àrea Natural d’Especial Interès i forma part de la xarxa d’espais Natura 2000. No té vigilància suficient ni gestió activa. Els seus valors aconsellen una catalogació com a reserva o lloc d’interès científic, un increment del seguiment de fauna i flora i una vigilància periòdica. El medi marí per si sol mereix també alguna figura de protecció com a microreserva marina, on es prohibís qualsevol tipus de pesca almenys a una distància radial d’uns 250 metres de les parets dels illots.